Zákon byl vícekrát novelizován, přičemž dosud nejrozsáhlejší novela byla provedena zákonem č. 129/2022 Sb. Tato novela reagovala na nejčastější problémy, které se vyskytovaly v aplikační praxi, provedla dílčí změny v licenčních požadavcích pro poskytovatele platebních služeb malého rozsahu a vydavatele elektronických peněz malého rozsahu, provedla úpravu přístupu k platebním účtům nebankovními poskytovateli platebních služeb a zavedla veřejnoprávní sankce za porušování podmínek poskytování služby dynamické směny měn. Kromě toho též např. přikročila ke změnám v oblasti správního trestání.
V roce 2025 byl zákon o platebním styku novelizován dvěma novelami, které jsou také zapracovány v komentáři.